La misión de CAFOLIS es crear ambientes favorables para la autoformación de líderes/as transformadores/as (líderes sociales y políticos, dirigentes, responsables de formación), En este sentido , bucamos cambiar los modos de pensar y actuar de los ciudadanos, de los responsables de las instituciones y organizaciones, a fin de incidir en las políticas públicas, crear culturas democráticas, y mejorar la calidad de vida de los pueblos, en armonía con la naturaleza. Para ello, el CAFOLIS promueve alianzas con las organizaciones sociales, las organizaciones privadas de desarrollo, la cooperación internacional, las universidades y las  instituciones del Estado.